1988年6月，萧万长出任“行政院经济建设委员会”副主任委员，从事台湾经济政策设计、督导工作。

　　1989年12月，接替关中执掌国民党中央组工会，任主任，负责国民党组训工作，完成为李登辉辅选重任。

　　1990年6月调任“行政院政务委员”兼“财政部长”，主持台湾财经事务。

　　1993年3月调任“经建会”主委。

　　1997年任“行政院”院长。

　　2000年，萧万长与连战搭档竞选地区领导人失败后任国民党副主席，并以个人身分参加民进党当局召集的“经发会”、“经续会”等。

　　2005年卸任中国国民党副主席。

　　2006年10月至2007年7月任两岸共同市场基金会董事长。

　　2007年6月23日接受马英九邀请参选2008台湾地区副领导人。

　　2008年3月作为马英九的副手，与其一起当选2008台湾地区正副领导人。